其实，这些都是因为这“经验医学”四个字的所造成的普遍误解。
早在春秋战国时代，诸子百家争鸣，使得华夏古代文化和哲学高度发展，也正是在那时以古代哲学为指导思想所构成的中医药理论框架基本形成，而《黄帝内经》就是其代表作。
中医的基础基本上就源于《黄帝内经》，在这本书里运用了阴阳学说、木火土金水组成的五行学说、精气神等哲学范畴，以及道、中庸、形神一体等哲学思维，将人体的生理、病理表现，人与自然、社会的关系、人体的形态结构一一加以解释与说明，形成了独具特色的中医药理论体系。
这一理论体系的建立，是以华夏古代哲学为指导的，所以在中医药学理论中，阴阳、五行、气、精、神等等古代哲学的范畴，被赋予了中医药学的内涵。
哲学是指导一切科学的科学，但哲学是一种思维科学，它不可能对每一学科进行具体的指导，但每一学科的发展又离不开人们的哲学思维。
正是有了华夏古代哲学思维的引领，中医形成了一种独特的把握整体的辨证思维，故而形成了中医诊治疾病的辨证论治原则。
中医根据每个人的整体状态不同，采用因人而异的不同治法，其道理就在于生物体都具有自适应、自组织、自调整、自稳态、自修复的功能。
人类也是如此，将人体本身的状态调整好，以防范和祛除疾病，所以中医中运用调和阴阳、扶正祛邪的大原则来治病的方法是有科学道理的。